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Offre de stage : utilisation de la spectrométrie dans le proche infra-rouge pour distinguer les variétés de
luzerne

A Lusignan, l'Unité de recherche pluridisciplinaire prairies et plantes fourragères (URP3F) propose un stage indemnisé de six mois, entre janvier et septembre 2015, pour un(e) étudiant(e) de Master 2. Le sujet du stage est l'utilisation de la spectrométrie dans le proche infra-rouge pour distinguer les variétés de luzerne. Formation souhaitée : statistiques-mathématiques.

Préparation d'échantillons de  LUZERNE  dans le laboratoire d'Evolution phénologique des plantes de l'Unité GDEC de Clermont-Ferrand. . © © INRA, GIFFARD Florent
Publié le 06/11/2014

Contexte scientifique et enjeux

L’inscription de nouvelles variétés au Catalogue Officiel constitue une autorisation à leur commercialisation et permet ainsi de diffuser le progrès génétique aux agriculteurs. Cette inscription est basée sur la reconnaissance d’un progrès génétique et d’une distinction nette de la nouvelle variété par rapport à toutes les variétés existantes. Pour la luzerne, une légumineuse fourragère, la distinction est souvent difficile : les variétés se ressemblent, et de plus, comme elles sont génétiquement hétérogènes (ce sont des variétés synthétiques), les différences de moyennes sont masquées par des larges variances intra-variétales. Cette difficulté de distinction est un frein à l’inscription de nouvelles variétés qui montrent pourtant une amélioration de la valeur agronomique. De nombreux caractères phénotypiques sont déjà utilisés pour la distinction des variétés de luzerne (couleur de fleur, hauteur de tiges, taille des folioles, résistance à des maladies, etc). Nous souhaitons tester si les spectres de réflectance dans le proche infra-rouge (SPIR) permettent d’améliorer la distinction.

Objectif et méthodes

L’objectif sera de mettre au point une méthode statistique permettant de calculer des variables synthétiques à partir des spectres SPIR et de tester ces variables pour la distinction des variétés. Les calculs de distinction utilisent des méthodes établies par un organisme international (UPOV) mises en oeuvre en France par le GEVES. Nous utiliserons ces méthodes d’évaluation de la distinction sur les variables SPIR. Par ailleurs, il faudra tester si les collections peuvent être structurées à l’aide des données SPIR, de façon à établir des groupes de variétés semblables. Cette structuration serait utile pour limiter les efforts de distinction à l’aide de caractères phénotypiques aux variétés au sein de chaque groupe.
L’étudiant utilisera un logiciel de statistiques (SAS ou R) pour réaliser les calculs ainsi que le programme de calcul du Geves pour juger de la distinction des variétés. Les données sont constituées de spectres collectés sur des variétés cultivées en essais ou en pépinière de sélection.

Résultats attendus

- Méthodes de calcul de variables synthétiques et test de leur efficacité pour la distinction des variétés
- Structuration de la collection de variétés à l’aide des spectres SPIR

Formation souhaitée : statistiques/mathématiques
Durée : 6 mois entre janvier et septembre 2015
Lieu : Inra - URP3F, Lusignan
Responsables: Bernadette Julier (Dr, HDR), Philippe Barre (Dr)
Tel : 05 49 55 60 38, Fax : 05 49 55 60 44, Email : bernadette.julier@lusignan.inra.fr
Possibilité de logement et de déjeuner sur place. Stage indemnisé